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                            菌群多樣性組成譜分析

                            菌群多樣性組成譜分析 




                            高通量測序分析環境微生物(微生物菌群分析、微生物多樣性分析、微生物群落分析)


                            資費:請電話商談 聯系電話:01065945597/65919547
                            手機:13717768726

                            研究對象:

                            樣品來源:土壤、海洋、活性污泥、動物腸道、糞便、酒曲、窖泥、發酵液、菌劑、食品等;

                            樣品形式:環境樣品、基因組DNA、PCR產物;

                            菌群多樣性組成譜測序研究

                            菌群多樣性組成譜測序以細菌/古菌16S rRNA基因可變區、真菌18S rRNA基因可變區或真菌ITS(Internal transcribed spacer)內轉錄間隔區等微生物特征序列(Signature sequence)為靶點,通過檢測序列的變異和數量,反映菌群中各類微生物物種的身份和豐度,從而快速解碼菌群物種分布特征,闡明樣本間多樣性和組成差異,進而發現差異相關物種。

                            產品特點

                            1. 直接對菌群樣本中的微生物特征序列進行擴增檢測,簡單快速且性價比高,并克服了絕大部分微生物無法純培養的難題;

                            2. 自動化、專業的DNA提取流程,配合高保真DNA聚合酶進行PCR擴增,并嚴格把控擴增循環數,確保菌群組成客觀真實;

                            3. 使用Illumina MiSeq的小型化測序平臺,周期更短,讀長更長(2´300 bp),每個樣本都能一次性獲得數萬條序列,即使低豐度物種也能精確定量;

                            4. 多種物種注釋數據庫可選,根據樣本來源按需選擇Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等數據庫,最優化物種的分類鑒定;

                            5. 可對菌群進行代謝功能預測,通過組成數據,解讀潛在功能,并能指導后續宏基因組測序研究。

                            實驗流程

                            微生物組總DNA提取→目標片段PCR擴增→擴增產物檢測定量→測序文庫制備→上機進行高通量測序

                            分析流程

                            典型分析結果展示

                            菌群物種分類組成的Krona交互展示圖

                            UniFrac PCoA分析的樣本三維排序圖

                            LEfSe組間差異物種的顯著性排序圖

                            LEfSe組間差異物種的分類等級樹圖

                            RDA約束排序圖

                            物種互作關聯網絡圖

                            基于16S rRNA基因的PICRUSt功能預測小提琴圖

                            值得一試的深度分析內容

                            分析項目

                            分析要求

                            CAP主坐標典型相關分析

                            分組≥ 2

                            菌群分型(Enterotype)分析

                            樣本≥ 20

                            ROC曲線建模驗證分析

                            分組≥ 2

                            OTU—樣本二分網絡分析

                            樣本≥ 3

                            物種——功能一致性Circos分析

                            樣本≥ 3


                            分析內容

                            分析項目

                            分析

                            備注

                             

                            基礎分析項目

                             

                            原始測序數據的質控

                               

                            原始測序數據的處理

                               

                            2

                            疑問序列的剔除

                               

                            3

                            高質量序列長度分布統計

                               

                            序列歸并和OTU劃分

                             

                            1

                            OTU劃分

                               

                            2

                            OTU分類地位鑒定

                               

                            3

                            OTU精簡和分類鑒定結果統計

                               

                            4

                            多樣本共有OTUVenn圖分析

                            樣本(組)≤ 5

                             

                             

                            常規分析項目

                             

                            Alpha多樣性分析

                             

                            1

                            Rarefaction稀疏曲線

                               

                            2

                            Specaccum物種累積曲線

                            樣本≥ 10

                             

                            3

                            豐度等級曲線

                               

                            4

                            Alpha多樣性指數計算

                               

                            分類組成分析

                             

                            1

                            各分類水平的微生物類群數統計

                               

                            2

                            各分類水平的分類學組成分析

                               

                            3

                            Metastats分析

                            樣本(組)≥ 2

                             

                            4

                            LEfSe分析

                            分組≥ 2

                             

                            群落組成交互式可視化

                             

                            1

                            系統發育樹構建

                               

                            2

                            MEGAN可視化展示

                               

                            3

                            GraPhlAn可視化展示

                               

                            4

                            Krona交互式展示

                               

                            5

                            熱圖分析

                            樣本≥ 3

                             

                            Beta多樣性分析

                             

                            1

                            PCA分析

                            樣本≥ 3

                             

                            2

                            UniFrac-PCoA分析

                            樣本≥ 3

                             

                            3

                            UniFrac-MDS分析

                            樣本≥ 5

                             

                            4

                            UniFrac-UPGMA聚類分析

                            樣本≥ 3

                             

                            5

                            基于UniFrac距離的多組比較和箱線圖展示

                            分組≥ 2

                             
                             

                            高級分析項目

                             

                            菌群比較分析和關鍵物種篩選

                             

                            1

                            RDA分析

                            樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

                             

                            2

                            PLS-DA分析

                            分組≥ 2

                             

                            3

                            Adonis/PERMANOVA分析

                            樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

                             

                            4

                            ANOSIM分析

                            分組≥ 2

                             

                            5

                            隨機森林分析

                            分組≥ 2

                             

                            優勢物種互作關聯網絡分析

                            樣本(組)≥ 3

                             

                            群落代謝功能預測

                            僅限16S rRNA基因數據

                             

                            送樣要求 1

                            1. 樣品類型: DNA
                            2. 樣品需求量:≥500ng
                            3. 樣品濃度: ≥10ng/μL
                            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
                            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。


                            送樣要求 2

                            1. 樣品類型: PCR產物
                            2. 樣品需求量:≥100ng
                            3. 樣品濃度: ≥5ng/μL
                            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保PCR產物無降解
                            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

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