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                            簡單重復序列(Simple Sequence Repeat,SSR) /STR/微衛星DNA技術服務

                            STR/SSR/微衛星分析
                            背景介紹:
                            微衛星標記(Microsatellite)也稱為短串聯重復序列(STR)或簡單重復序列(SSR),是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列。微衛星位點通常通過PCR擴增,擴增產物通過電泳分析并根據大小分離等位基因進行檢測。PCR擴增后的等位微衛星主要采用兩種方法進行檢測:一、采用聚丙烯酰胺電泳(PAGE)銀染的方法,這一方法對小樣本量實驗,可以節省實驗成本。二、用ABI測序儀對熒光標記片段進行檢測,加上分子量內標可以對DNA片段長度進行計算,使STR/SSR分型高效快捷。北京美億美生物技術有限公司采用高通量樣品工作平臺,具備完善的實驗管理和質量監控體系,確保大型STR分型項目的順利進行。

                            服務項目:
                            1.SSR位點搜索和SSR引物設計
                            利用SSRhunter和Primer5軟件設計SSR引物。
                            2引物篩選
                            選取部分代表性樣本,利用普通引物擴增這些樣本,然后利用高分辨率的PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息。
                            3;樣本批量擴增
                            根據客戶要求,可以選擇擴增方式:(1)用普通引物進行批量擴增;(2)用帶有熒光標記(FAM/HEX/TMR等)的引物對批量樣本進行PCR擴增。

                            4; 電泳檢測
                            根據引物擴增的情況進行聚丙烯酰胺凝膠電泳或者測序儀進行毛細管電泳檢測
                            一、聚丙烯酰胺凝膠電泳;
                            對PCR產物進行變性處理,上樣,電泳,染色。
                            二、帶有熒光標記的PCR產物進行稀釋后與分子量內標、去離子甲酰胺混合,用3730等測序儀進行毛細管電泳,得到條帶大小的數據。
                            ;數據挖掘 利用生物信息學軟件(POPGENE、NTsys等)對上述數據進行進一步分析,分析多態性等。給出所研究的各群體的多態位點百分比、有效等位基因數、Nei 基因多樣性指數、Shannon 基因多樣性指數、遺傳分化系數、Nei 基因遺傳距離和遺傳一致度等。

                            服務流程:



                            6 檢測平臺:
                            PAGE電泳設備、ABI 3730測序儀。
                            客戶需知:
                            1、樣品提供:客戶可以提供生物組織、血液或提取好的基因組DNA進行檢測。組織樣品50-100mg,血液樣品1-2ml,基因組DNA樣品大于10ug。組織和血液必須保證樣品新鮮無降解。基因組DNA樣
                            品需保證樣品DNA完整無降解,OD260/280在1.7至2.0之間。
                            2、最好提供3-4個備選STR位點。在實驗中很可能出現某些STR位點檢測困難的情況,這時可以挑選備選STR位點進行檢測。
                            3、STR檢測中常出現截斷PCR的現象,在檢測結果中體現為出現比正常長度產物短2-4個堿基的峰。這是正常現象,不影響對結果的判讀和分析。
                            ;我公司為客戶提供產品及數據資料包括:
                            代表基因型電泳截圖
                            分型結果表
                            實驗報告單


                            STR引物開發技術服務
                            SSR標記是一種基于DNA長度多態性的分子標記技術。它具有共顯性、高度可重復性、是研究群體遺傳學、進行分子標記輔助育種、系譜分析和法醫鑒定的理想工具。只因為SSR標記具有種族特異性,必須采用特異引物進行PCR檢測,故而存在一個引物開發的問題。磁珠富集法開發未知基因組序列物種的引物,通過PAGE驗證,可以清晰的分析出多態引物,用于后邊的批量試驗。
                            1)SSR-開發技術路線
                            前期確認階段:試驗樣本類型,數量,簽訂試驗合作合同;
                            試驗階段:(30個工作日)包括選取4-6個樣本進行多態性驗證;
                            試驗結果:通過磁珠富集微衛星序列,開發出30—40對具有一定重復特征的微衛星引物,并且對引物進行多態性和特異性驗證(10對以上)。
                            2) 試驗案例:我們已經開發過多個樹種,昆蟲,花卉,藻類植物,大型真菌等。例如松樹、槭樹、桑樹、毛竹、蘭花、螢火蟲、月季、食用真菌、魚,蝦等。

                            3)客戶須知:
                            本公司需要簽訂技術服務合作合同;
                            本公司再試驗結束后,如沒要求,試驗樣本將統一銷毀;
                            本公司不接受具有致病性和潛在危險的原始樣本,此類樣本請您提供樣本DNA。

















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